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トピック

 Apr-2008 : アセンブルされたカイコゲノム統計データ
  1. スキャフォールドバージョン 2.3 (ビルド2, バージョン 3)
  2. 染色体数 28
  3. 配列カバー率 8.5倍 (ホールゲノムショットガン配列、BAC端配列、fosmid端配列)
  4. クローンカバー率 (BAC) 24.7倍
  5. クローンカバー率 (fosmid) 12.6倍
  6. スキャフォールド、コンティグサイズ

  7. スキャフォールド(ギャップなし) コンティグ
    サイズ(bp) サイズ(bp)
    N50 3,716,872 37 15,506 8,077

  8. 染色体に配置されたスキャフォールド

  9. 配置 87,4%
    非配置 12.6%

  10. 遺伝子

  11. 推定された遺伝子数 14,623

  12. リピート配列

  13. リピートライブラリには、およびReASプログラムより抽出された新規繰返し配列 1,668および既知の転移性因子17が含まれている。

    クラス サイズ(Mb) ゲノムに対する割合
    分類 827 151.6 35.1
    非分類 858 36.5 8.5
    1685 188.1 43.6
  2006年3月 : 農業生物資源研究所は、中国 西南大学との間で、カイコゲノム情報に関する共同研究合意書を締結しました。

詳細は、 独立行政法人農業生物資源研究所ホームホームページ、プレスリリース2006.04.18付け「独立行政法人農業生物資源研究所と中国西南大学が カイコゲノム情報に関する研究合意書を締結」 をご参照ください。


  2004年4月 : カイコゲノム研究プログラムは、東京大学が開発したRAMENアセンブラを使用して、WGSによって読まれたカイコゲノム長の3倍にあたる約280万配列のアセンブルを行いました。 このアセンブルで、カイコゲノムの全長の80%にあたる213,000コンティグが作成されました。 また、重複してないカイコEST配列約11,000のうちの90%が、ホールゲノムショットガンシーケンスデータ中に見出されていることを確認しました。 これらの研究は、東京大学大学院 新領域創成科学研究科、および国立遺伝学研究所と共同して行われました。


 Evaluation of whole-genome shotgun (WGS) sequence contigs by alignment of abut 11,000 Bombyx non-redundant ESTs. Criteria for alignment: >95% identity and >50 bp in length. Coverage was calculated as the ratio of the total length of alignments in WGS sequence contigs to the length of ESTs.

 詳細は、
Mita et al. 2004. The Genome Sequence of Silkworm, Bombyx mori.DNA Research11(1), 27-35
をご参照ください。


 2003年3月 : カイコゲノム研究プログラムは、ホールゲノムショットガン(WGS: whole genome shotgun) 法により長さ5億3千万塩基対と推定されるカイコゲノムの3倍に相当する配列を読みました。 社団法人 農業水産先端技術産業振興センター農林水産先端技術研究所 (STAFF研究所) 、タカラバイオ株式会社と共同して行ったものです。