Public Data

ゲノム配列 (Genomic Sequences)

Class	Name	File	Format	Size	Date
RAMEN assemble scaffolds and contigs	Assembled set (スキャフォールドおよびスキャフォールドに使用されていないコンティグ：重複なしの配列セット)	assembledset.txt.gz	FASTA	127.6(MB)	2008年 4月
	Integrated sequence (染色体毎にまとめたスキャフォールドおよびコンティグ)	integretedseq.txt.gz *1	FASTA	111.5(MB)
	Scaffolds	scaffold.txt.gz	FASTA	118.0(MB)
	Contigs	contig.txt.gz	FASTA	128.4(MB)
Repeat sequences	BmTE Library (Transposable elements library)	BmTELib-080930.txt.gz	FASTA	0.6(MB)	2009年 1月
Gene model	GLEANを使用した全遺伝子セットのマージによる共通遺伝子セット (CDS)	glean_cds.txt.gz	FASTA	6.0(MB)	2008年 4月
	GLEANを使用した全遺伝子セットのマージによる共通遺伝子セット (translated)	glean_pro.txt.gz	FASTA	3.9(MB)
	GLEANを使用した全遺伝子セットのマージによる共通遺伝子セット (CDS) を染色体上にマッピングした位置情報	glean_cds_on_chr.gff.gz	GFF2	1.2(MB)
	GLEANを使用した全遺伝子セットのマージによる共通遺伝子セット (CDS) をスキャフォールド上にマッピングした位置情報	glean_cds_on_scaf.gff.gz	GFF2	0.9(MB)
BAC, Fosmid	BAC (アセンブル配列 55 BAC)	bac.txt.gz	FASTA	2.5(MB)
	BAC end (137,219 BAC端配列)	bacend.txt.gz	FASTA	24.2(MB)
	Fosmid end (274,342 fosmid端配列)	fosend.txt.gz	FASTA	35.0(MB)

*1 染色体毎にまとめたスキャフォールドおよびコンティグ(integretedseq.txt.gz)に誤りが見つかったため、修正したものに入れ替えました。2008年9月30日以前にダウンロードされた方は再度ダウンロードをお願いします。ご迷惑をお掛けし申し訳ございませんがよろしくお願い致します。

Class	Name	File	Format	Size	Date
RAMEN assemble contigs	Contigs (カイコWGSデータを東京大学新領域創成科学研究科が開発したRAMENアセンブラでアセンブルした約213,000コンティグの配列)	KAIKOcontig.txt.gz	FASTA	106.0(MB)	2004年 4月
Marker	RAPD Marker * (このデータは1998年当時に作成したもので、上記配列情報は使用していませんのでご注意下さい)	BombMap_Marker.xls.gz	XLS (TSV)	12(KB)	1998年12月