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ゲノム配列 (Genomic Sequences)

Class Name File
Format
Size Date
RAMEN assemble
scaffolds and contigs
Assembled set
(スキャフォールドおよびスキャフォールドに使用されていないコンティグ:重複なしの配列セット)
assembledset.txt.gz
FASTA
127.6(MB)
2008年 4月
Integrated sequence
(染色体毎にまとめたスキャフォールドおよびコンティグ)
integretedseq.txt.gz *1
FASTA
111.5(MB)
Scaffolds
scaffold.txt.gz
FASTA
118.0(MB)
Contigs
contig.txt.gz
FASTA
128.4(MB)
Repeat sequences
BmTE Library
(Transposable elements library)
BmTELib-080930.txt.gz
FASTA
0.6(MB)
2009年 1月
Gene model
GLEANを使用した全遺伝子セットのマージによる共通遺伝子セット (CDS) glean_cds.txt.gz
FASTA
6.0(MB)
2008年 4月
GLEANを使用した全遺伝子セットのマージによる共通遺伝子セット (translated) glean_pro.txt.gz
FASTA
3.9(MB)
GLEANを使用した全遺伝子セットのマージによる共通遺伝子セット (CDS) を染色体上にマッピングした位置情報 glean_cds_on_chr.gff.gz
GFF2
1.2(MB)
GLEANを使用した全遺伝子セットのマージによる共通遺伝子セット (CDS) をスキャフォールド上にマッピングした位置情報 glean_cds_on_scaf.gff.gz
GFF2
0.9(MB)
BAC, Fosmid
BAC
(アセンブル配列 55 BAC)
bac.txt.gz
FASTA
2.5(MB)
BAC end
(137,219 BAC端 配列)
bacend.txt.gz
FASTA
24.2(MB)
Fosmid end
(274,342 fosmid端 配列)
fosend.txt.gz
FASTA
35.0(MB)
*1 染色体毎にまとめたスキャフォールドおよびコンティグ(integretedseq.txt.gz)に誤りが見つかったため、修正したものに入れ替えました。2008年9月30日以前にダウンロードされた方は再度ダウンロードをお願いします。ご迷惑をお掛けし申し訳ございませんがよろしくお願い致します。

Class Name File
Format
Size Date
RAMEN assemble contigs
Contigs
(カイコWGSデータを東京大学 新領域創成科学研究科が開発したRAMENアセンブラでアセンブルした約213,000コンティグの配列)
KAIKOcontig.txt.gz
FASTA
106.0(MB)
2004年 4月
Marker
RAPD Marker *
(このデータは1998年当時に作成したもので、上記配列情報は使用していませんのでご注意下さい)
BombMap_Marker.xls.gz
XLS
(TSV)
12(KB)
1998年12月