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公開データ

  • KAIKOGAAS :日 中共同研究で作成されたゲノムスキャフォールド上にある遺伝子を予測し、アノテーションしたデータを格納したデータベースです。アノテーションに用いたデータは、28本の染色体上にある192本のスキャフォールド(計417.7Mb)と、1Kb以上の長さを持ち、染色体 上に位置づけられない4,615本のスキャフォールドです。また、このデータベースには、 スキャフォールドの精度確認に用いた55本のBACのアノテーションも含まれます。

  • Linkage Map : 雌 p50Tと 雄 F1 (p50T x C108T) を戻し交配して得られた190の個体から 1,755個のSNPsの遺伝的地図を作成しました。 解析にはMapmaker/exp (version 3.0;LOD score 3.0 )を使用しています。 SNPマーカは28の連鎖グループに分けられ、全組換え長は1,413cMです。

  • KAIKOcDNA : DDBJのような公的機関に登録し、公開されたカイコの部分的cDNA配列に簡単なアノテーションを付けたデータベースです。このデータベースは、クローン名、BLAST検索スコア、GO(Gene Ontology)ターム、キーワードなどで検索することができ、検索結果はリストとして表示されます。データベースには、cDNAライブラリの特性情報、カイコの種類、組織、発育段階などが記載されています。

    KAIKOcDNAで使用しているcDNAデータの一部は、嶋田透博士(東京大学)、三田和英博士(生物研)およびその共同研究者からなるカイコガ属ゲノムデータベースワーキンググループがで作成したものです。 このプロジェクトは、日本学術振興会の科学研究費補助金 (No.506015, 1999; No.128102, 2000)により支援されました。


  • Bombyx Trap DataBase : カイコにおけるトランスポゾンミュータジェネシス系統(エンハンサートラップ、ジーントラップ系統)について、発現情報とゲノム挿入位置を記載し、KAIKObase (ゲノムデータベース)に統合されています。

  • KAIKO 2D DataBase : カイコタンパク質解析の2次元電気泳動(プロテオーム)データベースで、解析には日中共同研究で得られた遺伝子モデルが追加使用されています。中腸、脂肪体、中部絹糸腺、後部絹糸腺、マルピギ管、卵巣、体液などの様々な組織と幼虫、蛹などの発生段階とを組み合わせたデータセットです。このデータベースは、Swiss Institute of BioinformaticsのMake2D-DB IIを使用して構築されています。 また、このデータベースは、KAIKObase (ゲノムデータベース)に統合されています。

  • BombMap : カイコ蛾ゲノム地図情報システムは、カイコのRAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA)およびSTS (Sequence-Tagged Site) マーカを用いた連鎖地図データベースです。.

  • Transposons : DDBJのような公的機関に登録、公開されているカイコのトランスポゾンのリストが表示されます。  データは、Sequence Retrieved System (SRS) というツールにより、毎回最新のものを検索することができます。 SRSは、NIAS DNA Bankからアクセスできます。

  • ゲノム配列 : スキャフォールド、コンティグ、リピート配列、BAC、BACエンド、Fosmidエンド、および遺伝子モデルの配列情報がダウロードできます。